Se han publicado sus obras más importantes: Manual de Derecho Penal (editado también en México y Perú, y adaptado al derecho penal brasileño en coautoría con José Henrique Pierangelli), Tratado de Derecho Penal en cinco volúmenes (reeditado también en México), la segunda edición de Derecho Penal Parte General (adaptado al derecho penal brasileño en coautoría con Nilo Batista), En busca de las penas perdidas (traducido al portugués y al italiano), Estructuras judiciales (traducido al portugués), Colonialismo y Derechos Humanos (traducido al portugués y al italiano), y la tercera edición actualizada a 2025 de Derecho Penal.

La figura de académica de Zaffaroni inspira a la Fundación que lleva su nombre con el objeto de promover el pensamiento jurídico penal y difundir su obra e impulsar el desarrollo de nuevas investigaciones científicas.

Favorecer una formación jurídico penal situada que incorpore al análisis dogmático el dato de la selectividad del ejercicio del poder punitivo, la vulnerabilidad, la desigualdad social y el legado colonial hasta nuestros días.

Impulsar un derecho penal decolonial capaz de disputar legitimidad a los modelos importados y tecnocráticos ajenos a nuestra realidad latinoamericana.

Visibilizar el carácter selectivo, discriminatorio y estructuralmente desigual del ejercicio del poder punitivo formal e informal.

Fomentar un modelo de contención de las posibles irracionalidades del poder punitivo en clave convencional y constitucional

Actividades académicas y de formación: cursos, seminarios, jornadas, conferencias y ciclos de debate en materia de derecho penal, criminología, sistema penal y derechos humanos, dirigidos a estudiantes, abogados/as, operadores de justicia y público interesado.

Investigaciones en derecho penal y criminología: proyectos ejecutados de manera autónoma o en coordinación con universidades y/o instituciones nacionales e internacionales.

Publicaciones: difunde la producción científica resultante de las investigaciones o de los estudios desarrollados.

Actividades de articulación institucional y académica: vinculación con universidades, institutos y centros de investigación, cátedras de derecho penal, organizaciones no gubernamentales y sociales, y entidades locales e internacionales.

Espacios de debate público: intervención en discusiones de relevancia institucional, legislativa y social vinculadas al sistema penal y los derechos humanos.